Kernemajs høstes når den sorte plet er synlig (se billede) og vandprocenten er max 40 %. Kernemajs er typisk høstklar 3-4 uger senere end helsæd. Fra midten af oktober falder vandindholdet kun meget lidt, men modningsprocessen vil fortsætte mod black-spot stadiet, indtil plantevæksten går i stå som følge af frost. Den sorte plet skal være synlig, for at kernerne kan tærskes fra spindlen.

Høsttidspunktet fastsættes ud fra en række forhold:
- Vandindholdet er højst 40 %
- Før væltning og nedknækning af kolber i væsentligt omfang
- Før døgnmiddeltemperaturen kommer under 10 oC, ofte efter midten af oktober. Under denne temperatur er der risiko for at udbyttet begynder at falde
- Sen høst øger risikoen for angreb af fusarium og dermed øges risikoen for indhold af fusariumtoksiner
- Hvis hele planten frostsprænges, når temperatur kommer under -4 0C, skal den høstes hurtigst muligt inden væltning